Glavna skupština glavni je skup Svjetske turističke organizacije. Sastaje se svake dvije godine, a na njoj se, između ostaloga, potvrđuju odluke/prijedlozi Izvršnog vijeća donesene između dva zasjedanja Skupštine, odobrava proračun i novi dvogodišnji program rada te raspravlja o temama od vitalnog značaja za turistički sektor. Svake četiri godine bira glavnog tajnika. Glavnu skupštinu čine redoviti članovi i pridruženi članovi. Pridruženi članovi i predstavnici drugih međunarodnih organizacija sudjeluju kao promatrači. Svjetski odbor za etiku turizma pomoćno je tijelo Generalne skupštine.
Izvršno vijeće je upravljačko tijelo UNWTO-a, odgovorno za osiguravanje da Organizacija izvršava svoje obaveze. Sastaje se najmanje dva puta godišnje i sastoji se od članova koje bira Glavna skupština u omjeru jedan na svakih pet punopravnih članova. Kao zemlja domaćin sjedišta UNWTO-a, Španjolska ima stalno mjesto u Izvršnom vijeću. Predstavnici pridruženih i pridruženih članova sudjeluju na sjednicama Izvršnog vijeća kao promatrači.
Specijalizirani odbori članica UNWTO-a savjetuju o upravljanju i sadržaju programa. To su Odbor za proračun i financije, Odbor za statistiku, Odbor za turizam i konkurentnost, Odbor turizam i održivost, Svjetski odbor za turističku etiku, Odbor za pitanja vezana za pridruženo članstvo.
Tajništvo je odgovorno za provedbu programa rada UNWTO-a i za potrebe država članica i pridruženih članova. Skupinu vodi glavni tajnik, Zurab Pololikashvili iz Gruzije, koji nadzire oko 152 stalno zaposlenih u sjedištu UNWTO-a u Madridu. Tajništvo također uključuje regionalni ured za podršku za Aziju i Pacifik u Nari, Japan, financiran od strane japanske vlade.